В 1784-85 гг. строения крепости были усовершенствованы: углублен и расширен ров, стены его облицованы большими известняковыми плитами и усиленны бастионами.

Вскоре после сооружения крепости Анапа стала объектом военных действий. Автор книги "военно-исторический очерк Анапы" профессор Н.И. Веселовский писал: "Далеко не первоклассная, но крайне зловредная в политическом отношении турецкая крепость Анапа, потребовала от Российского государства такого числа военных походов, как армии, так и флота, какого не вызвала ни какая другая неприятельская крепость и более сильного сооружения". В ходе русско-турецкой войны 1787-91-х годов, русскими было предпринято три похода против Анапы: 1788, 1790, 1791. Крепость была взята в 1791 году после двухнедельной осады, войсками возглавляемыми графом И.В. Гудовичем. При штурме отличились: Владимирский, Астраханский, Гребенской и Нижегородский драгунские полки, в честь которых названы улицы города. По Ясскому (1791г) миру Анапа была возвращена Турции.

В Русско-Турецкую войну 1806-1812гг. Анапа дважды бралась Русскими войсками, три года в крепости находился Анапский гарнизонный полк. По Бухарестскому (1812г.) миру Анапа вновь была передана Турции. 12 июня 1828 года крепость Анапа была взята Русскими войсками под командованием вице-адмирала А.С. Грейга и князя А.С. Меншикова. По Адрианопольскому (1829года) миру Анапа отошла к России. По указу Императора Николая I все укрепления крепости были уничтожены, оставлены в память о доблести Русских войск лишь её восточные ворота сохранившиеся до наших дней.

30-60-е годы ХIХ века - время заселения территории Анапы и Анапского района переселенцами из Российских и Украинских губерний, Азовского и Кубанского казачьих войск, Анатолийскими греками, чехами, немцами. Возникают станицы: Гостагаевская, Анапская, Витязевская, Благовещенская, Натухаевская, Раевская, поселки: Варваровка, Павловка, Джигинка.

В 1846 году Анапе был присвоен статус портового города (утрачен в 1860 г., вновь восстановлен в 1866 году). Уникальный комплекс природных, климатических и лечебных факторов Анапы предопределили её судьбу как города - курорта. Рождение курорта неразрывно связано с именем доктора В.А.Будзинского, который открывает в июле 1900 года первый санаторий "Береговая", в 1907 г - "Лучезарная", в 1909 году " Бимлюк". Профессор Н.П. Гундобин писал на страницах "Врачебной Газеты": "Анапа - первоклассный курорт для детей которому позавидовала бы вся Западная Европа; здесь мы встречаем редкое сочетание даров природы: соединение климатов степного, горного, и морского; песчаный пляж - первый в России по красоте и удобствам, так, что купания доступны даже для детей двухлетнего возраста, целебная грязь, не уступающая по силе крымским грязям, наконец виноградное лечение. В настоящем виде это бриллиант, но к сожалению не отшлифованный".

Принципы курортного строительства заложены доктором Будзинским, легли в основу организации современного города-курорта. "Жемчужиной России" - называют сегодня Анапу, а подлинной жемчужиной города является археологический заповедник "Горгиппия". 1960 года в Анапе проводятся систематические археологические раскопки. Сегодня установлено, что древняя Горгиппия находится под современным городом и занимает площадь около 40 га. Компромиссным стало решение о выделении 2 га. вдоль Набережной для создания музея под открытым небом - единственным в своём роде в России. В Анапском музее экспонируются уникальные находки из раскопок Горгиппии: бронзовые и терракотовые статуэтки, расписная черно-лаковая и красно-лаковая посуда, мраморная скульптура, архитектурные детали, стеклянные сосуды, изделия из натурального камня, резные саркофаги.

В 1975 году был открыт склеп с фресками на тему подвигов Геракла, а рядом с ним - не разграбленный склеп с двумя саркофагами. В одном из них был захоронен городской чиновник; на голове у него был венок из тонких золотых листьев, лицо украшали золотые наглазники и нагубники, на шее - гривна, на руке - золотой литой браслет со вставками из стекла и бирюзы, три золотых перстня с геммами, парадный кинжал, ножны и рукоять которого имеют рельефное тиснение, инкрустированы бирюзой и гранатом. Эти находки составили основу "Золотой кладовой" краевого музея в Краснодаре, экспонировались в музеях Германии, Югославии, Японии.

Музеефикация заповедника "Горгиппия", реставрация и показ фресок расписного склепа, создание системы археологических экспозиций позволяет превратить Анапу в уникальный историко-культурный центр России.

Начиная с 60-х годов идет интенсивное строительство детских здравниц. И к 1979 году Анапа смогла одновременно принять более 63 тыс. детей. За годы своего существования курорт Анапа вырос и значительно окреп. Также активно развивается сфера семейного отдыха, миллионы россиян и жителей ближнего и дальнего зарубежья поправили свое здоровье в Анапе. Прекрасно развитая структура лечебно-диагностических учреждений позволяет лечить огромное количество различных заболеваний, главным образом используя природные компоненты - морская вода, мин. воды, лечебные грязи (иловые и сопочные) и множество др. У Анапы и ее окрестностей огромный невостребованный потенциал, который сейчас активно разрабатывается.